「歯を磨かないと、虫歯鉄道がやってくる」機械のような生物マシン「虫歯鉄道」に乗り込み、見習い歯医者の少年エッグは、虫歯の相棒C1（シーワン）とともに医者修行の旅に出る。歯ブラシと歯磨き粉を武器に、悪い虫歯たちに立ち向かい「旅の終着駅」を目指す…。全世界の少年少女に送る、異色の大冒険活劇!